Globalement, le programme INTERREG France-Suisse se veut transversal, comme le démontre la diversité des opérations programmées en Haute-Savoie pour la programmation 2007-2013.

Ainsi, dans le domaine touristique sont programmés le projet de développement des 3 Chablais porté conjointement par Chablais Léman Développement, le SIAC et l’Université de Savoie; et le projet de l’association Léman Sans Frontière pour la création, la mise en réseau, la promotion d’une offre transfrontalière touristique, culturelle et de loisirs. Le projet de Multi Pass des Portes du Soleil permet également de développer de nouveaux usages de tourisme transfrontalier. Enfin, le projet Ecostations vise à l'établissement d'une démarche intégrée de développement durable sur 4 stations de ski pilotes dans le but de réduire l'impact écologique.

Dun point de vue culturel, la Haute-Savoie bénéficie de plusieurs projets : Avec vues sur lacs qui par le biais d’exposition itinérante permet d’aborder la culture lacustre sous différents angles ; le projet de réalisation d’une enquête photographique de terrain sur le fait frontalier et les flux de pendulaires dans le bassin lémanique, porté par le Conseil Général ; et le projet culturel transfrontalier Annecy Genève, porté par Bonlieu scène nationale.

Afin de contribuer à une meilleure organisation de la mobilité, le département de la Haute-Savoie est chef de file du projet Pérennisation du schéma de cohérence lémanique des transports, et cofinance le projet de Modernisation de la ligne ferroviaire entre Saint-Gervais et Vallorcine. En tant que porteur du projet de Reconstruction du pont douane de Fosssard, le Conseil Général participe également à l'amélioration de la ciruclation de la population et des frontaliers sur un passage clé à la frontière.

En matière d’aménagement du territoire, le projet EcoObs visant la création d’un observatoire d’écoquartiers dans le but de constituer un référentiel pour dynamiser les réflexions sur le développement urbain durable ; et le projet d’Elaboration et déclinaison opérationnelle du projet d’agglomération franco-valdo genevoise, sont également programmés.

Dans le domaine environnemental, les projets Alpeau et Forêt de protection, portés par l'ONF ont également été programmés et sont en cours de réalisation.

En termes d’appui aux entreprises, le projet Mind-Mercure consiste en la création d’une structure d’accueil interrégionale, localisée au technopôle d’Archamps, au service des PME pour le montage, la promotion et la réalisation de projets en Recherche et Développement.